Jednotlivé fondy současné muzejní knihovny se zpočátku vyvíjely zcela samostatně. Základem se stala Studijní knihovna Silesia, jejíž jádro tvoří soukromá knihovna Jana Matuly (1875-1946), učitele a později ředitele školy v Třinci-Lyžbicích, která obsahovala přes dva tisíce svazků a byla dále rozšiřována nákupem knih, konfiskáty i dary. Po přechodném umístění v Okresním archivu v Českém Těšíně byla dne 25. 4. 1958 byla přidělena okresnímu muzeu a opětovně uložena v budově radnice těšínské radnice a od 12. 9. 1960 přemístěna do Čapkovy ul. č.10. Tento uzavřený sbírkový fond vedený od roku 1957 do roku 1965 zahrnuje zejména česká, polská a německá silesiaka, sbírku regionálních periodik, rukopisy, staré tisky, knižní produkci 19. století, kalendáře, adresáře a odbornou studijní literaturu.
Zároveň se Studijní knihovnou Silesia vznikala odborná příruční knihovna pro potřeby pracovníků muzea a také samostatný sbírkový fond, v němž významné místo zaujímá torzo zámecké knihovny v Ropici, která představuje typickou raně romantickou zámeckou knihovnu.
Významnou součástí sbírkového fondu je sbírka Třanovského tisků uspořádaných nebo přímo napsaných Jiřím Třanovským (1592-1637). Tento evangelický kazatel, původem z Těšína, má význačné místo v české humanistické kultuře. Jeho básnická, sběratelská, překladatelská i skladatelská tvorba překračuje rámec náboženské tvorby a výrazně přispěla k zlidovění kultury i k udržení českého jazykového povědomí, zejména na Těšínsku a Valašsku. Pozoruhodnou sbírkou v Muzeu Těšínska je soubor kramářských písní, jež se šířily na Těšínsku z Moravy . Tyto písně jsou převážně náboženského charakteru a byly vytvořeny v duchu smíšené barokně romantické estetiky. Svědčí o tom např. rukopisný zpěvník z r. 1752. Dále to jsou zde zastoupeny poutní obrázky, staré a vzácné tisky od 16. století do současnosti, učebnice, regionální literatura a periodika s obsáhlou sbírkou tiskovin k česko-polským vztahům a sporům o Těšínsko.Významnými kurátory knižních sbírek byli Josef Bonček a Žofie Buchwaldková.
V roce 2004 byly všechny fondy muzejní knihovny přestěhovány na Hlavní ulici č. 15, kde jsou v současnosti zpřístupněny veřejnosti prezenčně. Knihovna obsahuje také odbornou literaturu z nejrůznějších vědních oborů a odbornou literaturu k jednotlivým sbírkovým fondům (např. zbraně, umělecká historie, archeologie, šperky, nábytek, fotografie, odívání, školství, zemědělství, řemesla, hornictví, numizmatika atd). Celkem je zájemcům o studium k dispozici více než 25.500 svazků a lze zde nalézt literaturu v češtině, slovenštině, polštině, němčině, latině, francouzštině, angličtině, ruštině, hebrejštině a dokonce v korejštině.
